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Prélèvements COVID-19
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Prélèvements COVID-19

CORONAVIRUS
COVID-19

Le 28 décembre 2020

Un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été détecté au Royaume-Uni. Ce nouveau variant est défini par de multiples variations des gènes codant pour les protéines de spicule (S) ainsi que par des variations d’autres régions génomiques. Le Royaume-Uni rapporte que ces variations (notamment la délétion 69-70 dans la protéine de pointe) provoquent un résultat négatif de certains tests RT-PCR dont les amorces ciblent le gène «S».

Du fait de la circulation du variant «VUI 202012/01» du SARS-CoV-2 dans plusieurs pays d’Europe (à des niveaux de circulation différents, la circulation active de ce variant ne concernant que le Royaume-Uni à ce stade) et de la détection d’un autre variant circulant activement en Afrique du Sud «501.V2», il est rappelé l’importance de questionner systématiquement, pour toute personne se présentant pour un test de dépistage du SARS-CoV-2, un séjour à l’étranger dans les 14 jours précédant ou un contact à risque avec une personne ayant séjourné à l’étranger dans les 14 jours suivant son retour, et de renseigner le cas échéant le champ «pays de provenance» dans SI-DEP.

S’agissant spécifiquement des personnes ayant séjourné en Afrique du Sud ou ayant été en contact avec une personne y ayant séjourné, il est demandé d’orienter ces personnes vers un test RT-PCR, et d’adresser tout test positif au CNR pour génotypage.

Important: du fait des variations de la protéine S (1 variation pour le VUI -VOC désormais-202012/01et 4 variations pour le 501.V2), l’utilisation des tests antigéniques ciblant uniquement la protéine S, dans le cadre de diagnostics individuels ou d’opérations de dépistage, est actuellement fortement déconseillée au regard du risque de faux négatifs pour ces variants. Les tests antigéniques ciblant d’autres protéines, notamment la protéine N, ne sont pas concernés et peuvent continuer à être mobilisés.

La liste des tests antigéniques avec les cibles visées par chaque test est disponible sur le site Internet https://covid-19.sante.gouv.fr/tests.

Les données des enquêtes épidémiologiques et virologiques britanniques ont indiqué une transmissibilité plus importante du variant dans le Sud-Est de l’Angleterre, qui aurait progressivement remplacé les autres virus circulants, avec un potentiel estimé d’augmentation du nombre de reproduction (R) de 0,4 ou plus. Rien n’indique toutefois à ce stade que le nouveau variant entraîne une augmentation de la gravité de l’infection.

Définition de cas et conduite à tenir en cas de réinfection au SARS-CoV-2

Santé Publique France a établi une définition de cas de réinfection auSARS-CoV-2, reposant sur une nouvelle atteinte à la Covid-19, biologiquement confirmée, à plus de 2 mois d’intervalle sans symptômes évocateurs.

En cas de réinfection possible,probable ou confirmée au SARS-CoV-2, tout patient doit être pris en charge comme un nouveau cas confirmé (avec isolement immédiat et déclenchement du contact-tracing). Pour caractériser cette potentielle réinfection, des éléments complémentaires des 2 épisodes de Covid-19 doivent être collectés (cliniques, biologiques, épidémiologiques, sociodémographiques) et des analyses complémentaires de type virologique (séquençage, culture virale) et sérologique réalisées. A cet effet, tout cas probable ou confirmé de réinfection par le SARS-CoV-2 doit faire l’objet d’une notification à Santé publique France et au CNR des virus des infections respiratoires.

Qu’est-ce qu’une personne contact ?

  • ayant partagé le même lieu de vie que le cas confirmé ou probable,
  • ayant eu un contact direct avec un cas, en face à face, à moins d’1 mètre, quelle que soit la durée (ex. conversation, repas, flirt, accolades, embrassades). En revanche, des personnes croisées dans l’espace public de manière fugace ne sont pas considérées comme des personnes contacts à risque,
  • ayant prodigué ou reçu des actes d’hygiène ou de soins,
  • ayant partagé un espace confiné (bureau ou salle de réunion, véhicule personnel…) pendant au moins 15 minutes avec un cas, ou étant resté en face à face avec un cas durant plusieurs épisodes de toux ou d’éternuement,
  • étant élève ou enseignant de la même classe scolaire (maternelle, primaire, secondaire, groupe de travaux dirigés à l’université).

Vous trouverez sur la page COMMUNICATIONS DANS LES PSLA / MSP / CABINETS tous les supports de communication à adresser à vos patients (personnes testées, personnes contacts, patients habituels et à risque pour leur expliquer comment adopter la bonne conduite à tenir etc.)

Tests diagnostiques virologiques (RT-PCR) et tests sérologiques

Les tests par PCR, dont l’objectif est de casser la chaîne de transmission du virus en détectant les personnes contaminées, sont les tests utilisés en France.

Les tests sérologiques n’apportent à ce jour aucune information fiable sur une possible contamination, protection ou sur le statut immunitaire. Ils ne sont donc pour le moment pas recommandés pour le dépistage ou pour savoir si l’on est immunisé. Le Gouvernement travaille néanmoins au déploiement sélectif des sérologies dans certaines indications limitées, toujours en lien avec les scientifiques qui nous permettent de définir les meilleures conditions d’utilisation de ce nouvel outil.

Quelle est la différence entre les tests par PCR et les tests sérologiques ?
  Tests diagnostiques virologiques
(RT-PCR)
Tests sérologiques
Principe Détecter la présence du virus Détecter la présence d’anticorps au virus
Réponse à la question « Suis-je infecté en ce moment ? » « Ai-je été en contact avec le virus ? »
Fiabilité Très bonne
Méthode de référence validée
Trop d’incertitudes sur la fiabilité des tests et l’immunité
Développement et évaluation toujours en cours par les scientifiques
Prélèvement Écouvillonnage naso-pharyngé par un professionnel de santé équipé Sanguin
Durée d’analyse Quelques heures Quelques minutes à quelques heures

De nouveaux types de tests par PCR sont à l’étude, notamment via des prélèvements salivaires qui permettraient une mise à disposition plus rapide des résultats.

Recommandation d’un test RT PCR SARS COV2 chez les professionnels de santé

La situation épidémiologique liée à la COVID-19 sur le territoire national est d’évolution rapide avec une augmentation de nombreux indicateurs. Le nombre de personnes atteintes de COVID-19 de retour d’un séjour à l’étranger est également significatif. Or, près d’un quart des infections par le SARS-CoV-2 reste asymptomatique et environ 50 % des transmissions surviennent durant la phase pré-symptomatique du cas index.

Durant la période estivale, vous avez donc peut-être été en contact avec le virus et développé la maladie sans le savoir.

Dans ce contexte, un dépistage de SARS-CoV-2 par RT-PCR, est recommandé pour tout professionnel de santé :
– avec des symptômes évocateurs de COVID-19*
– identifié comme personne contact d’un cas de COVID-19
– ayant participé à un rassemblement de nombreuses personnes (repas de famille, mariages, festivals, concerts, funérailles, etc.)
– au retour d’une zone à risque : séjour à l’étranger ou à Mayotte ou en Guyane ou dans un autre lieu, y compris en métropole, dans lequel la circulation du virus est élevée (foyer épidémique (cluster) ou incidence anormalement élevée)
– revenant de congés quelle que soit la zone de villégiature, s’il prend en charge des patients fragilisés : immunodéprimés, insuffisants respiratoires, sujets âgés.

Modalités de réalisation du test RT PCR SARS COV 2
Le dépistage peut être réalisé dans un laboratoire de biologie médicale habilité, ou dans le laboratoire d’un établissement de santé habilité. La liste de ces laboratoires est disponible sur https://sante.fr/recherche/trouver/DepistageCovid

*HCSP 20/04/2020 : Avis relatif aux signes cliniques d’orientation diagnostique du COVID 19